2001年开始第一份工作：开奥迪去超市当搬运工。

2001年至2004年在北京某报社任网络技术部主任。

2005年创办《皮皮鲁》杂志，现任《皮皮鲁》杂志主编。

2007年创办皮皮鲁讲堂。

2008年创办郑亚旗摄影工作室。

2010年任北京皮皮鲁总动员文化科技有限公司CEO。

2011年任北京郑渊洁品牌管理有限公司董事长。

与最高人民检察院合作开发中国第一款面对少年儿童的普法网络游戏《皮皮鲁和419宗罪》。

到全国多所小学演讲，向孩子们普法。被北京史家小学聘为全校学生的“成长导师”。

2012年1月15日，郑渊洁和郑亚旗共同获得由最高人民检察院正义网颁发的2011年度正义人物。

2013年9月29日，郑亚旗到洛阳偃师第二实验小学进行知识演讲。

2013年，郑亚旗喜得一女，由郑渊洁取名为“郑在”

2019年，郑亚旗导演52集动画片《舒克贝塔》  。

2021年9月4日，由郑亚旗出品的电影《皮皮鲁与鲁西西之罐头小人》正式定档9月30日。